Dưới đây là các điểm mới về nội dung, tổ chức thực hiện và thủ tục mà Nghị định 254/2025/NĐ-CP đem lại so với khung quy định trước đây.
1. Mở rộng và làm rõ phạm vi, nguyên tắc quản lý
Nghị định 254/2025/NĐ-CP khẳng định lại phạm vi áp dụng đối với các nhiệm vụ, dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, đồng thời bổ sung quy định chi tiết về trách nhiệm cung cấp hồ sơ, thông tin cho cơ quan quản lý nhà nước về tài chính, ngân sách và đầu tư công. Văn bản nhấn mạnh nguyên tắc “đúng mục đích, tiết kiệm, minh bạch, không để thất thoát, lãng phí” và yêu cầu thống nhất quản lý theo năm ngân sách cũng như quyết toán vốn dự án hoàn thành. Những điểm này nhằm khắc phục khoảng trống vận hành và sự không đồng bộ trong báo cáo, hồ sơ đã được phản ánh trong thực tế theo Nghị định cũ.
2. Chuẩn hóa thủ tục thanh toán — tăng tính hệ thống và minh bạch
Nghị định 254/2025/NĐ-CP quy định chi tiết hơn về các thủ tục, biểu mẫu, cơ chế thanh toán cho từng loại chi phí (chi theo tỷ lệ %, chi theo khối lượng, chi tạm ứng, thanh toán nghiệm thu, quyết toán). Đồng thời, Nghị định giao rõ trách nhiệm của Bộ Tài chính trong việc hướng dẫn mẫu biểu, quy trình thanh toán và kiểm tra, giám sát thực hiện. Việc chuẩn hóa biểu mẫu và quy trình là bước quan trọng để giảm rủi ro lộn xộn hồ sơ, tăng khả năng tự động hoá kiểm soát khi liên kết với hệ thống thông tin quản lý ngân sách.
3. Quy định về “quyết toán niên độ” và phân loại quyết toán theo năm ngân sách
Một trong những điểm được truyền thông nhấn mạnh là Nghị định 254/2025/NĐ-CP nêu rõ hơn về quản lý, thanh toán và quyết toán theo niên độ ngân sách đối với các dự án — tức phân biệt trách nhiệm thanh toán, kết chuyển, quyết toán giữa các năm ngân sách (kế hoạch trung hạn và hằng năm). Việc này giúp xử lý rõ hơn tình huống dự án kéo dài nhiều niên độ, giảm tranh chấp về trách nhiệm trả nợ, điều chuyển vốn giữa các kỳ và tạo điều kiện cho quyết toán dự án hoàn thành. Đây là điểm phát triển so với Nghị định 99/2021/NĐ-CP vốn chủ yếu tập trung vào thủ tục quyết toán dự án hoàn thành mà chưa có hệ thống điều khoản chi tiết cho niên độ.
4. Điều chỉnh phạm vi, nêu rõ các khoản không áp dụng (exclusions)
Nghị định 254/2025/NĐ-CP liệt kê rõ các trường hợp không thuộc phạm vi quy định của nghị định (ví dụ: cấp bù lãi suất tín dụng ưu đãi, phí quản lý một số chương trình tín dụng; cấp vốn điều lệ cho ngân hàng chính sách, một số khoản hỗ trợ đầu tư theo quyết định của Thủ tướng) — những nội dung này quản lý theo chế độ riêng của Chính phủ. Việc rõ ràng về phạm vi áp dụng giúp tránh xung đột pháp lý và rơi vào “khoảng trống” thực thi, đồng thời là câu trả lời đối với một số điểm chưa rõ ràng của Nghị định 99/2021/NĐ-CP.
5. Áp dụng thực hiện đối với ODA và vốn vay ưu đãi: đồng bộ thủ tục rút vốn
Nghị định 254/2025/NĐ-CP quy định rằng thủ tục thanh toán, quyết toán đối với vốn ODA và vốn vay ưu đãi của nhà tài trợ nước ngoài được thực hiện theo các quy định tại nghị định này; đồng thời thủ tục rút vốn phải tuân thủ các quy định riêng của Chính phủ về quản lý ODA. Nói cách khác, Nghị định cố gắng tạo sự đồng bộ giữa thủ tục thanh toán nội địa và quy định rút vốn nước ngoài — thuận lợi cho các dự án có nguồn vốn hỗn hợp.
6. Tăng cường trách nhiệm quản lý, kiểm tra, và cơ chế xử lý vi phạm
Nghị định 254/2025/NĐ-CP giao rõ hơn cho Bộ Tài chính trong vai trò “chủ trì” hướng dẫn và kiểm tra các cơ quan thanh toán, chủ đầu tư, nhà thầu; đồng thời yêu cầu các cơ quan, chủ đầu tư cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu phục vụ quản lý nhà nước. Các quy định này nhằm siết trách nhiệm giải trình, đồng thời tạo cơ sở pháp lý cho việc xử lý vi phạm, giảm chồng chéo phân công nhiệm vụ giữa các cấp. So với Nghị định 99/2021/NĐ-CP, Nghị định 254/20254/NĐ-CP có thái độ chặt chẽ hơn trong vai trò quản lý, kiểm tra từ trung ương đến địa phương.
So sánh trực tiếp với Nghị định 99/2021/NĐ-CP — những khác biệt cốt lõi
Tính thay thế và chuyển tiếp: Nghị định 254/2025/NĐ-CP chính thức bãi bỏ Nghị định 99/2021/NĐ-CP (trừ một số trường hợp chuyển tiếp theo Điều 54 của Nghị định 254/2025/NĐ-CP). Do đó, Nghị định 254/2025/NĐ-CP là văn bản điều chỉnh nền tảng cho toàn bộ quy trình thanh toán — quyết toán vốn đầu tư công từ ngày 26/9/2025.
Phạm vi và làm rõ ngoại lệ: Trong khi Nghị định 99/2021/NĐ-CP có phạm vi rộng nhưng ở một số khoản chưa có hướng dẫn rõ ràng về các khoản đặc thù (như cấp bù lãi suất, vốn điều lệ ngân hàng chính sách), Nghị định 254/2025/NĐ-CP đã liệt kê các trường hợp không áp dụng và chỉ dẫn việc triển khai qua các chế độ riêng, tránh chồng chéo.
Quyết toán niên độ và quản lý theo năm ngân sách: Nghị định 254/2025/NĐ-CP bổ sung, nhấn mạnh hơn về việc quản lý theo niên độ ngân sách — điều mà Nghị định 99/2021/NĐ-CP chưa quy định hệ thống hóa tương tự. Điều này quan trọng cho các dự án kéo dài, giúp phân định trách nhiệm và kết chuyển phần vốn liên niên.
Chuẩn hóa thủ tục, biểu mẫu và tăng cường kiểm soát: Nghị định 254/2025/NĐ-CP giao rõ hơn cho Bộ Tài chính trong việc hướng dẫn mẫu biểu, quy trình và kiểm tra, đồng nghĩa với bước đi thực sự hướng tới số hóa, chuẩn hóa hồ sơ quyết toán — một bước tiến so với thực tế áp dụng Nghị định 99/2021/NĐ-CP. Các tài liệu hướng dẫn mẫu biểu đã và đang được Bộ Tài chính công bố để thực hiện.
Tác động thực tiễn và khuyến nghị dành cho cơ quan, chủ đầu tư, nhà thầu
Chủ đầu tư và nhà thầu cần rà soát lại quy trình lập hồ sơ thanh toán, nhất là các chứng từ liên quan đến niên độ, phần vốn chuyển giữa các năm ngân sách, để đảm bảo tuân thủ biểu mẫu và yêu cầu mới.
Cơ quan thanh toán, cơ quan chủ quản cần tổ chức tập huấn ngay khi văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính được ban hành, cập nhật phần mềm/quy trình nội bộ để kết nối báo cáo theo chuẩn mới.
Bộ, ngành địa phương nên phối hợp chặt chẽ với Bộ Tài chính để làm rõ các nội dung chuyển tiếp (Điều 54), tránh tình trạng áp dụng “hai quy định một lúc” dẫn tới mâu thuẫn trong thực hiện.
Với dự án ODA/vốn vay ưu đãi, các bên cần rà soát điều ước quốc tế và quy định rút vốn vì Nghị định cũng xác định nguyên tắc tuân thủ điều ước nếu có khác biệt.
Kết luận
Nghị định 254/2025/NĐ-CP là bước cập nhật quan trọng để chuẩn hóa, siết chặt quản lý, thanh toán và quyết toán vốn đầu tư công — đặc biệt ở những điểm về quyết toán niên độ, phạm vi ngoại lệ, chuẩn hóa biểu mẫu và tăng cường vai trò kiểm tra của Bộ Tài chính. So với Nghị định 99/2021/NĐ-CP, Nghị định 254/2025/NĐ-CP rõ ràng hơn ở mặt tổ chức quản lý và thủ tục chi tiết; tuy nhiên, thành công trong thực thi sẽ phụ thuộc lớn vào các hướng dẫn chuyên môn tiếp theo từ Bộ Tài chính và năng lực chuyển đổi, số hóa của các cơ quan, chủ đầu tư.